Существует ряд острых проблем в учреждениях уголовно-исполнительной системы, связанных с соблюдением прав и свобод осужденных, такие как: неправомерное применение сотрудниками уголовно-исполнительной системы физической силы и специальных средств к осужденным; ненадлежащее медицинское обеспечение осужденных; неудовлетворительные условия содержания в исправительных учреждениях; перевод в исправительное учреждение, расположенное поблизости от места проживания до осуждения или проживания родственников.В целях недопущения неправомерного применения физической силы, специальных средств и огнестрельного оружия в декабре 2016 г. были внесены существенные изменения в Закон Российской Федерации «Об учреждениях и органах, исполняющих уголовные наказания в виде лишения свободы», а также вступил в силу в 2017 г. приказ Минюста России «Об утверждении Порядка ношения и применения огнестрельного оружия сотрудниками уголовно-исполнительной системы». Данные нововведения регламентируют достаточно жесткий порядок применения сотрудниками уголовно-исполнительной системы физической силы, специальных средств и огнестрельного оружия, также обращается внимание на алгоритм и сроки действий после применения таковых. Для надлежащего медицинского обеспечения и привлечения более широкого круга специалистов по различным профилям в исправительных учреждениях уголовно-исполнительной системы апробируется механизм дистанционного лечения.Внесение изменений в Уголовно-исполнительный кодекс Российской Федерации и введение в действие новых Правил внутреннего распорядка исправительных учреждений направлено на гуманизацию условий содержания в исправительных учреждениях России с учетом международных стандартов.Проблемы содержания осужденного в исправительном учреждении, расположенном поблизости от места его проживания до осуждения или проживания его родственников, либо содержание осужденного - иностранного гражданина в исправительном учреждении муниципального образования Российской Федерации, находящегося рядом с дипломатическим представительством и консульским учреждением, ближайшего к границе с государством, гражданином которого он является (в котором постоянно проживал), либо ближайшего к аэропорту, имеющему прямое воздушное сообщение с государством гражданства или постоянного проживания, могут быть решены путем создания во всех субъектах РФ исправительных учреждений гибридного типа с несколькими видами режима, то есть единого учреждения со смешанным режимом отбывания наказания.